Le jeu a une différence importante par rapport au premier chapitre de la saga, et c'est que la première personne est abandonnée à l'intérieur des donjons pour continuer avec la perspective zénithale du reste de la partie. Bien sûr, les mêmes bâtiments basiques des villes sont conservés et le style de combat au tour par tour qui a été maintenu pendant le reste de la saga jusqu'à l'arrivée du Phantasy Star Online, dans lequel il est allé plutôt à une action R.P.G. Comme il est logique, nous pouvons explorer librement les différentes villes et nous pouvons parler avec leurs habitants, acheter des objets et des armes ou guérir de différents états altérés. Dans les donjons, nous aurons ces batailles à tour de rôle, qui se produiront au hasard, et nous devrons aussi résoudre un casse-tête ou trouver une clé pour y accéder, et dans de nombreux cas, affronter un boss.
Graphiquement suppose une amélioration grande et évidente par rapport à la première partie, bien que le style graphique continue d'être le même, avec ce mélange de fantaisie et de science-fiction qui se remarque surtout dans les scènes. Les différents personnages sont assez petits et n'ont pas non plus d'animation spectaculaire, mais ils bougent bien et sont reconnaissables entre eux. Aussi les scènes de bataille ont gagné beaucoup d'entiers pour inclure le mouvement pour les ennemis et les protagonistes, qui sont toujours avec leurs dos, bien qu'au lieu d'avoir un fond qui nous dit où nous sommes tous les combats ont un fond bleu avec des lignes. Les scénarios sont plus détaillés et sont mieux placés pour avoir une meilleure coloration, mais n'atteignent toujours pas le niveau vu dans la brillante P hastasy Star IV: La fin du millénaire . Le jeu a de très bonnes mélodies qui définissent parfaitement le jeu, et est plutôt économe en effets sonores, mais n'en a plus besoin.
